De nouveaux virus inconnus dans les égouts

Egouts porte des Lilas - porte de Pantin, Paris - France
© Esprit de sel

Bien que les virus soient la forme de vie la plus abondante sur Terre, les chercheurs n'en ont identifiés que 3000 à ce jour. Ainsi, ils ne sont pas parvenus à déterminer la taille et les caractéristiques de l'univers viral, ni la diversité de son génome. Déterminés à comprendre la diversité et les caractéristiques des virus, une équipe de chercheurs d'Espagne et des États-Unis a développé de nouvelles techniques pour identifier des virus dans des endroits uniques du monde entier. Les résultats de cette étude sont publiés dans la revue mBio.
Les connaissances incomplètes sur l'univers viral rendent complexe la détermination de l'origine des pathogènes émergeants et des échanges génétiques entre virus. Les scientifiques de l'Université de Barcelone en Espagne et l'Université de Pittsburg et la Washington University à St Louis, aux États-Unis, expliquent que des virus jamais observés auparavant vivraient dans les eaux d'égouts non traitées, ce qui pourrait avoir un impact sur la santé humaine.

En étudiant les signatures génétiques de ces virus dans les eaux d'égouts d'Europe, d'Amérique du Nord et d'Afrique, l'équipe a détecté des signatures provenant de 234 virus représentant 26 familles de virus. Selon les chercheurs, les eaux d'égouts non traitées contiennent tout un éventail de virus inconnus.
"Nous voulions étudier des environnements dans lesquels les concentrations virales et la diversité étaient relativement élevées", commentent les auteurs de l'article. "Ainsi, nous avons émis l'hypothèse selon laquelle on trouve des concentrations élevées de virus là où il existe une forte densité d'espèces hôtes et où la diversité virale correspondrait à la biodiversité des espèces hôtes."
Roger Hendrix du département de sciences biologiques de l'université de Pittsburgh explique : "Ce qui nous a surpris, c'est que la majorité des virus découverts étaient jusqu'alors inconnus."
Les virus déjà connus comprennent des pathogènes tels que le papillomavirus humain et le norovirus, qui provoque la diarrhée. Les autres virus appartiennent à la catégorie des « habitués » des égouts dont les rongeurs et les cancrelats.
Les eaux d'égouts non traitées abritent également des bactéries, et les virus qui s'en nourrissent dominaient les signatures génétiques connues. L'équipe fait remarquer que de nombreux virus trouvés dans les eaux non traitées proviennent de plantes, ce qui s'explique sans doute par le fait que l'homme mange des végétaux et que les virus végétaux sont plus nombreux que les autres types de virus que l'on trouve dans les selles humaines.
Mais le professeur Hendrix s'interroge quant à ces recherches : "Ce qui nous intéresse, c'est de savoir d'où proviennent ces virus émergents." D'après leurs théories, l'échange génétique est ce qui déclenche l'émergence de nouveaux virus. Toutefois, il convient d'en étudier un grand nombre pour mener davantage de recherche sur ces échanges au niveau des gènes.
"Il faut d'abord connaître une forêt avant de déterminer sur quel arbre se pencher", explique James Pipas, également du département des sciences biologiques de l'université de Pittsburg et auteur principal de l'étude. "Si l'échange génétique est un phénomène présent chez les virus, alors nous voulons comprendre d'où viennent ces gènes, et si nous ne connaissons qu'un petit pourcentage des virus qui existent, alors la forêt est incomplète."

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